Luego que el Papa Francisco designara como nuevo obispo de la diócesis de Osorno a Monseñor Juan de la Cruz Barros Madrid, discipulo de Karadima, el Gobernador de Osorno fue tajante en asegurar que las decisiones de la Iglesia Católica no son responsabilidad del Gobierno, al ser dos entidades y poderes completamente diferentes.
La polémica surgió luego que se diera a conocer abiertamente que Barros, obispo castrense en nuestro país desde 2004, resultó ser uno de los 4 integrantes del Episcopado de Fernando Karadima, el ex párroco acusado de abuso sexual en la comuna de El Bosque en Santiago.
Ante su llegada a Osorno para hacerse cargo del Obispado, labor que estaba siendo realizada a distancia por el arzobispo de Concepción Fernando Chomali, tras el traslado de Monseñor René Rebolledo a la ciudad de La Serena, el gobernador de la Provincia Gustavo Salvo, reveló que si bien el tema es delicado para un porcentaje de la ciudadanía, no pasa por una determinación o intervención gubernamental. 
«Frente al nombramiento de la nueva autoridad eclesiástica para Osorno debo recordar que el Gobierno de Chile es un Gobierno laico, por ende los nombramientos que la Iglesia decide no son de nuestra competencia; sin embargo nos interesa tener la mejor de las relaciones con el mundo cristiano y en este caso particular con la Iglesia Católica». 
Según se informó en el portal web iglesia.cl, la labor de Monseñor Barros como nuevo Obispo de Osorno será regida por el vicario general Claudio Verdugo Cavieres , con el propósito de ofrecerle la posibilidad de prepararse adecuadamente para su nueva misión y en conformidad al Estatuto del Obispado Castrense de Chile, artículo VI, aprobado por la Congregación para los Obispos.Por su parte, Fernando Chomali, arzobispo de la Santísima Concepción, seguirá en el cargo de administrador apostólico de la diócesis de Osorno hasta el día en que el nuevo obispo tome posesión de la diócesis, fecha que se comunicará próximamente.
La noticia del nombramiento episcopal ha sido publicada a las 12:00 horas de Roma de este sábado 10 de enero de 2015, y en forma simultánea ha sido informada en Chile a las 08:00 hrs. locales por el portavoz de la Conferencia Episcopal, Jaime Coiro.